"Он пришел издалека... Свет, что ярче тысяч солнц, свет разрущающий любую, даже глубокую тьму... Мир стал куда светлее с Его приходом, зацвели цветы и запорхали бабочки. Планета ожила и всё благодаря Ему и Его чудесной силе... И эта сила вскоре будет моей..."
Шаман Апсу
Середина XXX столетия. Никто из живущих в Хрустальном Токио и не подозревал что вскоре произойдет катастрофа, что Великая Эпоха Мира и Спокойствия кончится. Хотя всё имеет свой конец. Королева Нео Серенити чувствовала приближение темной энергии, и даже обратилась к мистическому серебряному кристаллу. Но как не странно Кристалл молчал... Началась ужасная эпидемия в городе, выкашивая целые семьи, будто сама Смерть опустилась на когда-то благоухающий город. Люди стали терять веру в королеву и короля. В этот момент явилась некто по имени Апсу. Она смущала и без того растерянных людей речами о том, что Серебряный Кристалл исчерпал свою мощь и что его силы уже никогда не будет достаточно для защиты города. Девять девушек внемали этим речам и пошли за ней. Апсу дала им сил, превратив в воительниц в матросках. И всё лишь для единственной цели: уничтожить Сейлор Мун и остальных сенши и самому взойти на престол Нового Серебрянного Тысячелетия...
В это же время в настоящем, на Земле, пролетело 3 года с победы Сейлор Мун над Хаосом. Все сенши живут свое жизнью. Макото открыла цветочный магазин, Ами проходит лётнюю практику в госпитале Токио, Рей продолжает учится делу старшей жрицей, под присмотром деда, Минако стала известной певицей, и даже пробовалась на роль в кино, но ответ так и не получила. Аутеры же живут более скромно. Харука немного остепенилась и, оставив гонки на второй план, переключилась полностью на воспитание Хотару, заменив ей отца. Мичиру полностью помогает своей любимой в этом, иногда давая уроки музыки детям. Сетсуна вернулась к Вратам Времени и снова стала их охранять и с тех пор от неё не было вестей. Хотару постепенно снова учится в школе. И всё бы хорошо только внезапно на людей начинают нападать враги которые были уничтожены Сейлор Мун. Даймоны, йомы, дроиды, лемуры свободно бродят по улицам Токио нападая на людей... Что это? Неужели новый враг... или ожившие старые враги?